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政府統計の総合窓口のデータや、OECDのデータを使って、Rの練習をしています。ときどき、読書記録も載せています。

国立科学博物館の標本データベースの日本の鳥類の標本の分析3 - Mokuのデータが怪しいことに気が付いた。

 

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 の続きです。

 今回は、Moku(目), Zoku(属), Shu(種)について調べます。

まず、Mokuは何種類あるか、標本数の多いMokuは何か調べてみましょう。

levels関数とlevels関数でMokuの種類数を調べます。

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Mokuは214種類ですね。どのMokuが一番多いか、summary関数で見てみます。

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sort関数で小さい順に並び替え、rev関数で大きい順にして、head関数で上位6を表示しています。PasseriformesというMokuが一番多いです。

Zokuも同じように調べます。まずは、何種類のZokuがあるでしょうか?

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232種類です。

どの属が一番多いでしょうか?

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EmberizaというZokuが一番多くて、557個ありました。

同じように、Shu(種)を調べましょう。

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Shuの数は382種類、japonicusというのが212で一番多いです。おそらくこれがメジロなのでしょう。確認します。

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idx <- df$Shu == "japonics"という行で論理ベクトルをつくり、これでdfの中からShuがjapinicusのだけを検索しています。head関数で始めの6行だけ表示しています。やっぱりメジロですね。メジロのMoku,ZokuはZosteroposというので、Mokuの一番多いPasseriformesでは無いのですね。

二番目に多いShuのamaurotisは何という鳥でしょうか?

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amaurotisはヒヨドリのことでしたね。ヒヨドリもMokuは一番多いPasseriformesではないですね。

それでは、Passeriformesにはどんな鳥がいるか見てみましょう。

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あれ?メジロ、ヒヨドリが入っています。おかしいですね。。

もとのCSVファイルをもう一度みてみましょう。

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こんなふうにメジロでもZosteriposになっているのもあれば、Passerifermosになっているのもありました。なんでですかね。。。Mokuはちょっと信用できないってことですね。Zokuはどうでしょうか?一番数の多かったEmberizaを見てみます。

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Emberizaに属するのはアオジ、ホオジロ、カシラダカなどとわかりました。

今回は以上です。